相較於電腦病毒具有散播、破壞檔案或硬體等特徵，而惡意程式通常是在用戶安裝軟體、上網瀏覽的過程中不知不覺的被強行安裝，例如強制瀏覽器導向某一網址、安裝的程式碼中會觸發特定事件或側錄鍵盤等，如此的神不知、鬼不覺要加以防範也更加困難，除了作業系統的定期更新、不安裝不明軟體與不上風險高的網站外，定期掃描電腦有沒有惡意程式也是相當重要的一環。Microsoft 安全掃描工具是微軟專門設計用於尋找和移除 Windows 電腦中惡意程式碼的掃描工具。只要下載並執行掃描，就能找出惡意程式碼，並嘗試回復其所識別之威脅造成的變更。